ورود وهابیت به کشور اوگاندا، همانند کنیا به دهه 1960 و چند سال پس از استقلال اوگاندا باز می گردد.

طرفداران فرقه احمدیه از سال 1971 زمانی که ایدی امین شورای عالی مسلمانان را تشکیل داد در کشور اوگاندا بودند.

رئیس جامعه القرآن و عتره اوگاندا گفت: حدود 40 درصد مردم این کشور مسلمان هستند و 10 درصد مسلمانان اوگاندا را شیعیان تشکیل می دهند.

با حکم اتصال شمال اوگاندا با سودان مسلمان، ارتباط تجاری قوی بین مسلمانان و ساکنان اوگاندا شکل گرفت و تاجران مسلمان کالاها و هدایایی را برای پادشاهان قبایل اوگاندا حمل می کردند.

به مناسبت سیزده رجب دانشجویان کلاس درس اخلاق اسلامی دانشکده اسلامی المصطفی با جایگاه نبوت و امامت آشنا شدند.